本发明涉及分子育种领域,公开了一种与菠萝蜜果肉质地相关的分子标记、引物组合及应用。分子标记位于菠萝蜜基因组GCA_025403435.1的CM046350.1染色体;分子标记为SNP标记和/或InDel标记;分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;SNP标记位于SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第1379位,多态性为G/A;InDel标记位于SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第412位至第466位,为55 bp的缺失。本发明采用上述与菠萝蜜果肉质地相关的分子标记、引物组合及应用,该分子标记能够用于菠萝蜜杂交育种中的早期鉴定,缩短了育种时间,同时为菠萝蜜的遗传育种奠定基础。