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本发明公开一种利用Tth Ago酶剪切检测基因单碱基突变的方法及其应用。该方法包括如下步骤：(1)根据需要检测的目标基因或DNA序列设计2条识别突变端的gDNA和2条识别非突变端的gDNA，均为16～19nt；(2)利用设计的4条gDNA和Tth Ago酶对目标基因或DNA片段进行剪切；(3)针对目标基因或DNA片段上Tth Ago酶两端剪切位点之间的45～65bp序列设计恒温扩增的引物，并进行PCR恒温扩增；(4)根据恒温扩增反应过程中待测样品相对野生型样品的Ct值来判断待测样品中是否存在单碱基突变。本发明方法步骤简便，操作简单，具有高特异性、高灵敏性，可用于低丰度单碱基突变的检测。

本发明涉及荧光定量PCR检测方法技术领域，特别涉及一种用于检测中华乌塘鳢(Bostrychus sinensis)Mn-SOD基因的引物及实时荧光定量PCR法，该方法利用实时荧光定量PCR技术分析中华乌塘鳢不同组织的Mn-SOD基因表达量，以GAPDH为内参基因，设计内参基因引物和目的基因引物；以逆转录的cDNA为模板，在ABI 7500 Fast Real-time PCR system上对目的基因的表达水平进行检测，对检测结果进行统计分析，能快速、准确的检出Mn-SOD基因在中华乌塘鳢不同组织中的表达与分布情况，为该基因的利用和研究提供科学依据。

本发明涉及荧光定量PCR检测方法技术领域，为解决目前尚无对中华乌塘鳢Cu/Zn‑SOD基因进行实时荧光定量PCR检测方法的问题，本发明提供了一种中华乌塘鳢Cu/Zn‑SOD基因的实时荧光定量PCR检测方法及所用引物。所述方法包括：1)中华乌塘鳢目的基因Cu/Zn‑SOD的实时荧光定量引物设计；2)中华乌塘鳢内参基因β‑Actin的实时荧光定量引物设计；3)中华乌塘鳢不同组织cDNA逆转录；4)中华乌塘鳢Cu/Zn‑SOD基因的实时荧光定量PCR检测。本发明能够实现对中华乌塘鳢Cu/Zn‑SOD基因进行实时荧光定量PCR检测；方法简洁，准确度高，可信度高；能够实现对中华乌塘鳢不同组织进行检测。

本发明提供了一种通用发夹引物，发夹结构的3’端连接有2‑6个碱基的随机序列，可有效结合各种DNA或RNA模板。本发明还提供了一种检测microRNA的方法，将通用发夹引物或者通用发夹引物组合物，作为microRNA特异性发夹引物的替代物，结合microRNA模板，启动逆转录反应，获得的cDNA模板由microRNA特异性正向引物和与部分茎环序列相同的通用反向引物扩增待测microRNA。本发明避免了针对待检测microRNA需要设计特异性发夹引物的问题，检测范围大，检测效率高，对于密切相关的microRNA家族成员的检测也具有高灵敏度和特异性；本发明简单方便，大大降低了引物设计成本，缩短了检测周期，并且节省RNA模板，通量高，适合各实验室推广应用。

本发明提供了检测莲草直胸跳甲AK基因表达特性的引物及方法，引物序列如SEQ ID NO.1-2所示，本发明建立了莲草直胸跳甲雌雄虫取食不同CO2浓度培育的空心莲子草后AK基因表达量检测的荧光定量PCR法，并进行了转录组的测序，对AK基因荧光定量的表达量趋势与转录组的表达量趋势做了比较，为研究莲草直胸跳甲受到环境胁迫时产生的防御机制及AK基因表达特性奠定了基础。

本发明提供了一种检测莲草直胸跳甲EF基因表达特性的荧光定量PCR引物，引物包含两对，其序列如SEQ ID NO.1‑4所示，本发明建立了莲草直胸跳甲雌雄虫取食不同CO2浓度培育的空心莲子草后EF基因表达量检测的荧光定量PCR法，并进行了转录组的测序，对EF基因荧光定量的表达量趋势与转录组的表达量趋势做了比较，为研究莲草直胸跳甲受到环境胁迫时产生的防御机制及EF基因表达特性奠定了基础。

本发明提供了检测莲草直胸跳甲ERP基因表达特性的荧光定量PCR引物，引物包含两对，其序列如SEQ ID NO.1‑4所示，本发明建立了莲草直胸跳甲雌雄虫取食不同CO2浓度培育的空心莲子草后ERP基因表达量检测的荧光定量PCR法，并进行了转录组的测序，对ERP基因荧光定量的表达量趋势与转录组的表达量趋势做了比较，为研究莲草直胸跳甲受到环境胁迫时产生的防御机制及ERP基因表达特性奠定了基础。

本发明公开了一种基于海水样本监测中华白海豚种群分布的方法。该方法包括以下步骤：1)采集监测区域的海水样本；2)提取海水样本中的总DNA；3)利用特异性引物对总DNA进行qPCR扩增；4)根据扩增结果进行监测结果判定。所述特异性引物的序列为：正向引物，5'‑CGCTTGGGCAGGAATAGTAGGC‑3'；反向引物，5'‑GCTGGTCGTCTCCGATAAGTGT‑3'。该方法可以快速准确的鉴定调查海域是否有中华白海豚的存在，克服了常规监测方法容易受到地形、天气、能见度和观测者经验的影响的缺陷。