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本发明公开了一种基于转录组测序分析确定特定染色体上物种特异性基因的方法。所述方法包括：(1)取外源染色体来源材料、异源单体附加系材料和未附加外源染色体的寄主材料进行转录组测序；(2)根据所述转录组测序结果设计PCR引物；(3)使用所述PCR引物对所述外源染色体来源材料、所述异源单体附加系材料和所述未附加外源染色体的寄主材料进行PCR验证；(4)对所述PCR验证的结果进行统计并确定染色体上物种特异基因。本发明以异源单体附加系为材料、利用转录组分析和PCR验证，不进行染色体分离和测序，相比之下过程简易，成本较低。

本发明提供基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法，属于分子标记开发技术领域，包括基因组DNA提取；基因组DNA双酶切；连接反应；PCR扩增；回收序列片段和高通量测序；数据分析筛选和挖掘基因位点。该方法提取的DNA质量较高、酶切割速率得到有效提高、减轻了引物设计的难度、回收得到的片段大小比较均一、测序量比较大、测序结果更准确；可以避开高重复区域等甲基化程度相对较高的区域，从而收集到序列更为特异的酶切片段，使得后续鉴定的SNPs标记有效性更高；获得的核酸分子有极低的偏好性和高复杂度，以确保测序时用最少测序数据得到最大基因覆盖率。

本发明提供一种基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法，属于基因工程技术领域，包括如下步骤：提取褐菖鲉基因组DNA；将基因组DNA酶切，酶切液中加入Adapter接头进行接头连接；将接头连接获得的不同样品DNA片段混合，进行PCR扩增，然后将产物进行测序；将测序得到的原始数据分选聚类，按样品个体进行数据质控并删除Adapter接头序列，将序列比对到参考基因组上，提取SNP位点，筛选用于群体遗传结构分析的SNP位点。本发明SNP检测方法能够减少DNA降解且提高DNA纯度，技术稳定、重复性高、能够在降低成本的情况下大量开发基因组分子标记，该检测方法。

本发明公开了一种基于全基因组的高通量基因测序方法，涉及基因检测技术领域，包括：建立全基因组识别库；至少一个待测基因复制序列形成待测基因复制序列集合；形成至少一个测试切割基因集合；获取待测基因复制序列集合中的其中一个所述待测基因复制序列；至少一个待测基因复制片段形成待测基因复制片段集合；得到至少一个待测基因复制片段集合；得到待测基因复制片段类别；得到待测基因复制片段的测序结果；得到待测基因复制序列的测序结果。通过使用荧光标记的切割基因进行待测基因复制序列的分割检测，避免单个切片被污染所引起的测序误差，能大幅缩小合并的复杂度，进而有效缩短检测时间。

本发明涉及一种沼气发酵系统运行稳定性的判别方法及其应用，通过测定沼气发酵系统中厚壁菌门和拟杆菌门两个菌群丰度之比，判定沼气发酵系统的运行状态。本发明利用微生物学方法来判定沼气发酵系统稳定性，该方法可以作为其他常规检测指标的有益补充，保证和促进反应器系统的稳定和高效运行。

本发明公开了一种基于移除野生型序列的低丰度基因突变富集方法，本发明方法在PCR扩增前对用作DNA模板的样品DNA进行处理，使3'末端被封闭的含突变位点的核苷酸单链作为杂交链与野生型和突变型序列杂交，双链特异性核酸酶能特异性地移除杂交链与野生型序列形成的完全互补配对的同源双链DNA，但不能移除杂交链与突变型序列形成的非完全互补的异源双链DNA。移除后的产物经PCR扩增，PCR扩增所用的一条引物3'末端位于突变位点上且被封闭，在具有3'‑5'校读活性的聚合酶作用下，使野生型序列不能扩增，但突变型序列得以指数扩增，由此有效富集低丰度基因突变序列，提高了富集灵敏度和准确度，同时本发明方法还可以同时富集多种突变型序列从而提高扩增效率。