本发明涉及油茶分子生物学及遗传育种技术领域,具体涉及与油茶种子出仁率相关的DNA片段、SNP分子标记及其应用。所述DNA片段为位于油茶连锁图谱4号连锁群136.704cM处的rkf.04‑1,所述SNP分子标记包括SNP分子标记chr04‑77743434,所述SNP分子标记chr04‑77743434含有如SEQ ID NO.1所示序列第164位的多态性为G/T的核苷酸序列,其可以解释15.1%的油茶种子出仁率的表型方差。通过检测所述的SNP分子标记,可在苗期进行鉴定和辅助筛选,大大节约生产成本,显著提高油茶种子出仁率选择育种的选择效率。