本发明涉及油茶分子标记及遗传育种技术领域,具体涉及与油茶种子油中亚麻酸含量相关的DNA片段、其紧密连锁的SNP分子标记及其应用。本发明提供与油茶种子油中亚麻酸含量相关的DNA片段,其为位于油茶连锁图谱LG11的85.508cM处的yms.11‑1。本发明还提供与油茶种子油中亚麻酸含量紧密连锁的SNP分子标记,其包括SNP分子标记chr11‑27083024,含有如SEQ ID NO.1所示序列第227位的多态性为C/T的核苷酸序列。该分子标记可以解释9.7%的油茶种子油脂中亚麻酸含量的表型方差。通过检测所述的SNP分子标记,可在苗期进行鉴定和辅助筛选,大大节约生产成本和提高油茶油脂性状选择育种的选择效率。