本发明涉及油茶分子标记及遗传育种技术领域,具体涉及与油茶种子油脂中亚油酸含量相关的DNA片段、SNP分子标记及其应用。所述DNA片段为位于油茶连锁图谱5号连锁群104.837cM处的yys.05‑1,所述SNP分子标记包括SNP分子标记Chr05_107820202,所述SNP分子标记Chr05_107820202含有如SEQ ID NO.1所示序列第214位的多态性为G/A的核苷酸序列,其可以解释10.8%的油茶种子油脂中亚油酸含量的表型方差。通过检测所述的SNP分子标记,可在苗期进行鉴定和辅助筛选,大大节约生产成本和提高油茶油脂性状选择育种的选择效率。