本发明提供了一种鉴定鲇(Silurus asotus)性别鉴定的特异分子标记,所述分子标记为位于鲇Y染色体上的DNA片段,其核苷酸序列如SEQ ID No.3所示,与该片段部分同源的DNA片段位于8号常染色体上,其核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。本发明首次从鲇基因组信息中筛选到雄性特异的片段,并设计特异性引物进行鲇的遗传性别鉴定,基于该分子标记建立的遗传性别PCR鉴定方法适用于野外不同流域、实验室或水产养殖企业中不同生长阶段和不同群体的鲇遗传性别鉴定和筛选;鲇雌鱼比雄鱼生长快,将该方法应用于辅助生产全雌鱼苗,有助于提高水产养殖效益。