本发明提供了一种快速鉴定南方鲇、鲇和其杂交种的特异分子标记、引物及试剂盒,所述引物序列如SEQID:No.1和SEQID:No.2所示;所述特异分子标记位于基因gsdf的第二个外显子到第三个外显子区域,南方鲇的该分子标记长度为595 bp,核苷酸序列如SEQ ID No.3所示,鲇的该分子标记长度为522 bp,核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。本发明鉴定过程仅需剪取少量鳍条,提取基因组DNA,使用该引物进行PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳即可;同时准确率高,不受制于鱼体的生长情况,可在各养殖阶段取样鉴定。可广泛应用于科研及推广单位、苗种繁育场及养殖商户,一方面可用于鉴别三种鲇鱼(南方鲇、鲇和其杂交种)苗种,另一方面,可用于南方鲇、鲇和其杂交种的种质标准制定。