本发明公开了一种玉米籽粒砷含量相关的Indel标记及其应用,涉及植物基因工程技术领域,所述InDel标记包括如SEQ ID NO.5所示碱基的插入序列和缺失序列,且所述碱基的插入或缺失位置位于ZmFADS1基因启动子的第+383位,验证该InDel标记的引物序列如SEQ ID NO.3‑4所示。本发明提供的Indel标记和玉米籽粒中砷含量显著相关,该InDel标记为插入型,则玉米籽粒中砷含量低;该InDel标记为缺失型,则玉米籽粒中砷含量高,该Indel标记可用于玉米分子辅助育种和优质种植资源鉴定,从而加速玉米籽粒低砷富集材料的创制和新品种选育的进程。