本发明涉及一种重组果胶酶及其基因、重组载体、制备方法和应用，该基因至少含有下列核苷酸序列之一的DNA片：1)序列表中SEQ ID NO.1的核苷酸序列；2)与SEQ ID NO.1所示核苷酸序列具有90％以上同源性、且编码相同生物学功能蛋白质的核苷酸序列；或3)与SEQ ID NO.1所示核苷酸序列杂交且编码相同生物学功能蛋白质的核苷酸序列。按照本发明所述的基因序列进一步构建重组载体并转化酵母，可实现该重组果胶酶在高密度发酵条件下的组成型分泌表达，通过单纯的镍亲和纯化，即可得到纯度高于95％和蛋白浓度较高的活性蛋白，该活性蛋白在低温下具有很强的水解果胶活性，将为提高果汁的出汁率提供一种新型且高效的酶产品。
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