本发明公开了一种黑麦4RS染色体臂特异KASP分子标记及其应用,所述KASP分子标记为YTU4RS,其KASP分子标记YTU4RS的引物包括黑麦等位型上游引物YTU4RS‑F、小麦等位型上游引物YTU4RS‑H和共用下游引物YTU4RS‑C;所述黑麦等位型上游引物YTU4RS‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;所述小麦等位型上游引物YTU4RS‑H的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示;所述共用下游引物YTU4RS‑C的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。本发明提供了一个能够快速、精准、高通量鉴定黑麦的4RS染色体的KASP标记,可高效检测和追踪小麦背景下的黑麦4RS染色体,加快黑麦4RS染色体上众多优异农艺、产量、抗病和抗逆基因的育种利用,加速4RS易位系在染色体工程和分子标记辅助选择育种中的高效利用。