本发明涉及一种异戊烯二磷酸异构酶突变体及提高解脂耶氏酵母产羽扇豆醇的方法和应用,属于基因工程技术领域。通过在SEQ ID NO.1所示氨基酸序列基础上经过理性设计筛选得到异戊烯二磷酸异构酶突变体。本发明在解脂耶氏酵母Po1f菌株基础上构建产羽扇豆醇的重组菌株Po1FK01,将构建的异戊烯二磷酸异构酶突变体转化到重组菌株中进行表达,每个突变体的活性以羽扇豆醇的产量进行表征。与对照菌株即未突变菌株相比,过表达异戊烯二磷酸异构酶突变体YlIDI1(K78R+S129D)的解脂耶氏酵母工程菌中羽扇豆醇产量提高了约86%。本发明为羽扇豆醇的生物合成方面提供有力酶及菌株,对于羽扇豆醇的生产具有重要意义。