本发明涉及油茶分子标记及遗传育种技术领域,具体涉及与油茶种子出仁率相关的DNA片段、其紧密连锁的SNP分子标记及其应用。本发明提供与油茶种子出仁率相关的DNA片段,其为位于油茶连锁图谱6号连锁群的rkf.06‑2,置信区间为53.7cM‑64.5cM。本发明还提供与油茶种子出仁率位点紧密连锁的SNP分子标记chr06‑88890750,其为含有如SEQ ID NO.1所示序列第156位的多态性为C/T的核苷酸序列,可以解释14.9%的油茶种子出仁率的表型方差。通过检测该SNP分子标记,可在苗期进行油茶种子出仁率表型的鉴定和辅助筛选,大大节约生产成本,显著提高了油茶种子出仁率选择育种的效率。