本发明公开了一种普鲁兰酶突变体、工程菌及其应用,所述普鲁兰酶突变体是将SEQ ID NO.1所示氨基酸序列的第365位、第401位、第504位或第499位氨基酸进行单突变或多突变获得的。本发明构建的普鲁兰酶突变体的催化活性、热稳定性与耐酸稳定性均得到了提高,其中突变体PulAR‑A365V‑401C‑H499A‑T504V的催化效率较野生型普鲁兰酶PulAR在pH5.0、6.0,60℃条件下分别提高了6.6倍与9.6倍;在60℃,65℃的半衰期分别比野生型普鲁兰酶提高了2.6和3.1倍,且在pH 4.5与pH 5.0的半衰期分别比野生型普鲁兰酶提高了1.6和1.8倍。