本发明公开了一种与油菜叶片蜡质性状紧密相关的分子标记及其应用,该分子标记WAX1097‑1300的核苷酸序列如SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.4所示,该分子标记引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示,在育种中通过功能分子标记鉴定与筛选,保留仅出现205bp单一条带的材料为纯合有蜡粉材料、保留仅出现212bp单一条带的材料为纯合无蜡粉材料、保留同时出现205bp和212bp两种条带的材料为杂合无蜡粉材料,可提高下一轮选择的效率和准确性,减轻后期筛选鉴定的工作量,加速育种进程。