本发明公开一种分子标记引物及马铃薯晚疫病鉴定方法,分子标记引物用于鉴定马铃薯晚疫病致病疫霉,所述分子标记如序列表SEQ ID NO:1~6所示。鉴定方法包括如下步骤:提取待测材料组织DNA;使用所示分子标记引物进行PCR扩增;PCR扩增产物用1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测。本发明提供的三对引物仅在致病疫霉DNA为模板时能获得阳性扩增条带,扩增产物经测序分析与预期序列的相似度分别为94.96%、97.71%、96.44%,而在以辣椒疫霉等近缘种的基因组DNA为模板时均无克隆条带,引物特异性好,能有效区分近缘种。本发明方法可以检测到没有任何病斑、但是已经染菌的叶片,这对病害防控相当重要。