本发明涉及一种多重PCR引物筛选方法及应用,包括:S1、针对单个目的片段进行单重PCR反应;S2、每个目的片段选取一对引物,并将引物随机组合,每组3‑4对引物,分别进行小型多重PCR体系优化;S3、将步骤S2筛选得到的引物混合,进行总多重PCR,选取扩增效率高且无特异性扩增的引物。同时本发明还提供了利用上述筛选方法得到的一种13种呼吸道病原微生物多重PCR检测试剂盒,包括13对引物,具体如SEQ ID NO.1‑26所示。本发明的筛选方法可达到快速检测并筛选引物的目的,显著缩短了多重PCR体系的优化周期,降低了优化难度,且本发明的检测试剂盒可同时检测13种常见的呼吸道病原微生物,不仅降低了检测成本,节省检测时间,而且检测效率高,适合临床大规模使用。