本发明涉及分子标记技术领域,具体涉及与油茶种子油脂中棕榈油酸含量相关的SNP分子标记及其应用。本发明提供2个与油茶种子油脂中棕榈油酸含量相关的SNP分子标记PB.10070.2‑202和PB.7527.1‑77。PB.10070.2‑202含有如SEQ ID NO.1所示序列第202位的多态性为G/A的核苷酸序列;PB.7527.1‑77含有如SEQ ID NO.2所示序列的第77位的多态性为G/A的核苷酸序列。利用这2个标记进行油茶棕榈油酸含量表型的鉴定,可实现苗期的鉴定和辅助筛选,有效提高油茶育种的选择效率,加快育种进程。