本发明公开了一种与小麦穗长主效QTL紧密连锁的分子标记及其在小麦辅助育种及遗传改良中的应用,属于小麦分子生物技术与育种技术领域。其中,所述分子标记为2BL‑63,其位于小麦的2B染色体上,核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示,序列长度421bp,可由SEQ ID NO:1所示的上游引物和SEQ ID NO:2所示的下游引物扩增得到。本发明提供的分子标记2BL‑63充分体现了小麦品种(系)的穗长主效QTL,其能够快捷且精准地判断小麦品种(系)是否具有穗长主效QTL,为小麦产量性状分子育种提供了优异基因资源和选择工具。