本发明涉及一种玉米黄素腺嘌呤二核苷酸合成酶基因ZmFADS1及其编码蛋白和应用,属于植物基因工程技术领域,ZmFADS1基因具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序,该基因编码的玉米黄素腺嘌呤二核苷酸合成酶具有如SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列,该基因在植株内过表达可提升玉米籽粒品质。本发明首次从玉米中克隆了ZmFADS1基因,并发现了ZmFA DS1通过在玉米内过表达可提高植株叶片合成FAD的能力,进而提升叶片对重金属砷的富集能力,从而降低玉米籽粒内的砷含量的机制,为培育具有低砷含量籽粒的玉米品种提供了理论依据。