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本发明公开了一种尼古丁选择性降解菌的构建方法及其在废烟叶水提液中的应用，以Pseudomonas sp.JY‑Q为原始菌株，通过该菌全基因组信息分析，确定以下五个目的基因，构建目的基因的敲除载体，利用热转法将敲除载体转化到大肠杆菌缺失菌株WM3064中，利用载体上的Kanamycin抗性基因，筛选出第一次交换的重组子；将该菌株过夜扩培后，利用载体上携带的反筛选标记SacB基因，发生第二次交换的重组子——即目的基因随整合入基因组的质粒载体脱落，以实现基因无缝敲除，直至敲除全部目的基因。本发明所得的菌株与野生型JY‑Q的表型差异，主要包括生长差异、尼古丁和葡萄糖降解差异。

本发明分开了假单胞菌JY-Q果糖代谢基因缺失株的构建方法及应用，以JY-Q/5Δ为原始菌株，通过该菌全基因组信息分析，确定以下两个表达果糖磷酸转移酶的同工酶目的基因；构建目的基因的敲除载体；利用热转法将敲除载体转化到大肠杆菌缺失菌株WM3064中，以此为供体菌，假单胞菌JY-Q为受体菌进行双亲本接合；利用载体上的Kanamycin抗性基因，筛选出第一次交换的重组子；将所得的菌株过夜扩培后，利用载体上携带的反筛选标记SacB基因，发生第二次交换的重组子，即可得到选择性降解的假单胞菌JY-Q果糖代谢缺失株。所述的假单胞菌JY-Q果糖代谢缺失株应用于废烟叶水提液(TWE)尼古丁的降解中。