本发明提供了一种青稞矢车菊素糖基转移酶基因及其用途,属于基因工程领域。本发明发现了青稞中的一种新的基因(核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示),该基因表达的蛋白(氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示)可以将矢车菊素转化为矢车菊素3‑O葡萄糖苷,提高青稞的保健价值。本发明以该基因片段进行体外表达,获得了青稞矢车菊素糖基转移酶,在体外反应中将葡萄糖作为糖基供体,矢车菊素作为受体,成功地制备得到了矢车菊素3‑O葡萄糖苷。本发明将该基因转移到烟草中,使得烟草植株中表达矢车菊素糖基转移酶,进一步产生矢车菊素3‑O葡萄糖苷,提高了烟草植株的价值。本发明提供的新的基因,及其重组载体、重组菌、转基因植物均具有良好的应用前景。