本发明涉及一种大果酸浆的特异性核苷酸序列、标记引物及鉴别方法。用于鉴别大果酸浆的特征性核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。用于鉴别大果酸浆的分子特异性标记引物上游序列SPM01F:如SEQ ID NO.2所示;下游序列SPM01R:如SEQ ID NO.3所示。利用特异性标记引物SPM01F/SPM01R,通过常规PCR扩增,电泳检测,即可快速、准确的鉴别出大果酸浆样品。本发明样品用量少,结果准确、灵敏度高,SPM01F/SPM01R为大果酸浆分子特异性扩增引物,若为其他酸浆属植物种类,为阴性反应;本发明方法操作简便,耗时短,4~6小时即可完成。