本发明公开了CsPGT1基因在提高柑橘黄酮化合物含量中的应用,属于农业生物基因工程技术领域,提供CsPGT1基因在提高柑橘黄酮化合物含量中的应用,所述CsPGT1基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。以及利用所述CsPGT1基因提高柑橘果皮黄酮化合物的方法,包括以下步骤:克隆柑橘CsPGT1基因;构建CsPGT1过表达载体;将过表达载体转化至农杆菌,得农杆菌菌液;注射入柑橘果实,得CsPGT1基因过表达柑橘果实。本发明为提高柑橘果皮中黄酮类化合物提供一种新选择,有效提高柑橘果皮中维采宁‑2、柚皮芸香苷和/或香蜂草苷含量,这对于培育功能性柑橘新品种,加快育种进程具有重大的应用价值。