本发明涉及一种sll0659基因在合成集胞藻类胡萝卜素中的应用。该应用所涉及的sll0659基因，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明提供了一种在集胞藻PCC6803β‑胡萝卜素合成中具有重要作用的集胞藻PCC6803中sll0659基因的应用，通过将集胞藻PCC6803中的sll0659基因敲除后，集胞藻PCC6803的叶黄素含量增加了22.3％，玉米黄素含量增加了31.3％，而海胆酮含量降低了34.3％，β‑胡萝卜素百分含量则降低了1.3％。同时，HPLC检测结果表明，与野生型集胞藻PCC6803相比，sll0659基因敲除突变体中类胡萝卜素组分中有一个明显的峰，经与标品对照检测，确定其为α‑胡萝卜素。
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