本发明公开了柑橘果胶乙酰酯酶CsPAE及其编码基因和应用。本发明公开了柑橘感病蛋白CsPAE,如SEQ ID NO:1所示,及其编码框架核酸序列,如SEQ ID NO:2所示。此基因属于柑橘果胶乙酰酯酶家族成员。本发明还保护一种柑橘抗细菌性溃疡病的育种方法,包括如下步骤:使用RNAi的方式降低目的植物中CsPAE蛋白的含量和/或活性,从而提高目的柑橘属对柑橘溃疡病的抗病性。本发明对于柑橘的抗溃疡病育种具有重大的应用价值,这将为柑橘溃疡病抗病遗传育种奠定基础,大力促进柑橘抗溃疡病基因工程的发展和应用。