本发明属于基因工程领域,具体涉及一种水稻叶片白化基因ALS及其编码蛋白与应用。本发明公开了一个叶绿体发育调控基因ALS( Albino Seedling),该基因的gDNA序列如SEQ ID NO.1所示,CDS序列如SEQ ID NO.2所示,编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。实验表明所述ALS基因功能缺失后会造成水稻突变体中叶绿体发育异常,叶绿素含量急剧减少,在苗期白化致死。本发明对ALS基因功能的研究为水稻叶绿体发育调控机制的研究提供了新的种质资源,也可在苗期作为叶色标记应用于水稻新品种选育。