本发明公开了一种长筒石蒜LlMYB4基因及其编码蛋白和应用,属于植物分子生物学技术领域。本发明的长筒石蒜LlMYB4基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明以长筒石蒜盛花期的花被片为材料,通过克隆得到长筒石蒜LIMYB4基因,在此基础上构建其过量表达载体Super1300‑LlMYB4,转入本氏烟草叶片中,得到转基因植株,基因功能鉴定结果表明长筒石蒜LlMYB4基因是抑制花青素合成或者促进花青素降解的重要转录因子,在植物生长发育以及育种方面具有很好的应用前景。