本发明公开了一种改进的氰基还原酶及其在合成3-氯吡嗪-2甲胺中的应用,其特征在于:所述改进的氰基还原酶是以SEQ ID No.2所示氨基酸序列为出发序列,将第120位丙氨酸突变为亮氨酸,并将第155位的谷氨酸突变为赖氨酸得到的突变体;在pH6~8的磷酸钾缓冲液中,分别添加葡萄糖、辅酶NADP、2-氯-3-氰基吡嗪、葡萄糖脱氢酶以及改进的氰基还原酶组成反应混合液,在30~40℃下进行还原反应24h,生成3-氯吡嗪-2甲胺,本发明反应条件温和,有机溶剂用量小,反应体系更绿色环保,转化率高,大大提高了3-氯吡嗪-2甲胺的制备效率,具有较好的工业应用前景。