本申请提供了一种CsMEK5基因及其编码蛋白在提高柑橘溃疡病抗性的应用,所述CsMEK5基因的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,所述CsMEK5基因的编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明CsMEK5基因及其编码蛋白在提高柑橘溃疡病抗性的应用,通过克隆柑橘CsMEK5基因编码序列,进行超量表达载体构建,然后转化柑橘,得到的转基因植株溃疡病病斑面积和病情指数与野生型相比最大下降率为63%和64%,能够显著的减轻溃疡病的发病程度,减小病斑面积,通过超量表达CsMEK5基因可大大提高植株对细菌性溃疡病的抗性,这对于柑橘的抗细菌性溃疡病育种具有重大的应用价值。