本发明公开了出芽短梗霉二羧酸转运蛋白及其重组载体和应用，出芽短梗霉二羧酸转运蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.6、SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9或SEQ ID NO.10所示，核苷酸序列如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4或SEQ ID NO.5所示，在出芽短梗霉中过表达二羧酸转运蛋白能够提高聚苹果酸产量，并且发酵液中未检测到游离的苹果酸，表明二羧酸转运蛋白基因与聚苹果酸的合成转运有关，为提高聚苹果酸的产量奠定了基础。
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