本发明公开了一种包含益生菌与融合多肽的组合物及其在治疗肠道炎症性疾病中的应用。所述组合物由植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum CCFM8661)和功能性融合多肽组成,其中融合多肽的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。该融合多肽通过增强益生菌肠道定植能力、直接抑制病原菌生长及中和毒素,实现“抑菌‑修复‑免疫调节”三重协同作用。实验表明,组合物在DSS诱导的小鼠结肠炎模型中显著降低疾病活动指数,恢复结肠长度,并抑制血清炎症因子IL‑6和TNF‑α。此外,冻干微胶囊制剂在模拟胃液中存活率>90%,具备结肠靶向释放特性。本发明为肠道炎症性疾病提供了高效、稳定的治疗新策略。