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本发明公开了一种莱茵衣藻NPHP4蛋白的兔多克隆抗体及其制备方法和应用，NPHP4蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。制备方法：莱茵衣藻NPHP4蛋白抗原表位的分析与设计，选取859‑1058aa氨基酸片段构建原核细胞重组表达载体；将重组表达载体转入原核表达细胞中，获得重组表达菌株，诱导抗原蛋白表达；将纯化后的抗原蛋白作为免疫原，进行兔子免疫，获得NPHP4蛋白兔多克隆抗血清，并进一步纯化处理；纯化后的多克隆抗体可通过IF方法进行莱茵衣藻纤毛过渡区的标记验证，证明其可以用来进行纤毛过渡区特异性荧光标记；也可通过免疫印迹WB方法对莱茵衣藻NPHP4蛋白进行定性与定量分析。