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摘 要:本发明公开了一种评估基因组组装完整度方法及装置,根据测序报告确定测序reads的长度和测序错误率;在基因组序列中的随机位置上产生模拟reads;根据测序错误率在模拟产生的reads上进行错误性碱基替换;对实际和模拟产生的reads逐个碱基进行一定长度短片段kmer的抽取,并比较其反向互补配对序列,取在字母表排列在前的kmer作为序列标识;根据不同标识kmer的出现频次分布,计算所有kmer的频次深度分布;根据模拟测序数据产生的kmer频次深度分布与实际测序数据产生的kmer频次深度分布来评估基因组组装完整度。本发明整体设计不依赖于其他数据库,采用简单可行的手段对基因组进行科学合理的完整性评估。
著 录 项:
专利/申请号: | CN202210423265.7 | 专利名称: | 评估基因组组装完整度方法及装置 |
申请日: | 2022-04-21 | 申请/专利权人 | 内江师范学院 |
专利类型: | 发明 | 地址: | 四川省内江市东兴区东桐路内江师范学院 |
专利状态: | 已下证 查询审查信息 | 分类号: | G16B30/20搜分类 基因工程 基因组 完整搜索 |
公开/公告日: | 2022-07-08 | 转让价格: | 面议 |
公开/公告号: | CN114724632A | 交易状态: | 等待洽谈 搜索相似专利 |
交易方 | 企业 | 个人 |
买家 | 营业执照副本复印件(需盖公章) | 身份证复印件(签字) |
专利转让委托书(需盖公章)一式两份 | 专利转让委托书(需签字)一式两份 | |
专利转让协议(需盖公章)一式两份 | 专利转让协议(需签字)一式两份 | |
卖家 | 营业执照副本复印件(需盖公章) | 身份证复印件(需申请人签字) |
解除代理委托书(需盖公章)一式两份(如专利通过代理机构申请) | 解除代理委托书(需签字)一式两份(如专利通过代理机构申请) | |
专利转让协议(需盖公章)一式两份 | 专利转让协议(需签字)一式两份 | |
专利请求书或手续合格通知书、授权通知书复印件 | 专利请求书或手续合格通知书、专利授权通知书复印件 | |
专利证原件(若授权下证) | 专利证原件(若授权下证) |
日期 | 法律信息 | 备注 |
2023/03/21 | 授权 | |
2022/07/26 | 实质审查的生效 | IPC(主分类): G16B 30/20 专利申请号: 202210423265.7 申请日: 2022.04.21 |
2022/07/08 | 公开 |