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摘 要:本发明涉及一种基于k‑mer分布特征的长读数重叠区检测方法,首先提取出长读数集合中的所有k‑mer,并存入到哈希表中;针对两个特定的长读数,提取它们共有的每一对k‑mer,其中每一个共有k‑mer均用一个二元组来表示;然后构建一个共有k‑mer图,该图中每一个节点代表一个共有k‑mer;然后利用该共有k‑mer图确定这两个长读数之间是否存在重叠区以及重叠区在这两个长读数上的起始和终止位置。本发明简单易用,准确性好;在真实数据集大肠杆菌上表现出良好的重叠区检测结果,较其它重叠区检测方法在多项评价指标上具有更优的表现。
著 录 项:
专利/申请号: | CN201910156934.7 | 专利名称: | 一种基于k-mer分布特征的长读数重叠区检测方法 |
申请日: | 2019-03-01 | 申请/专利权人 | 河南大学 |
专利类型: | 发明 | 地址: | 河南省开封市金明大道河南大学 |
专利状态: | 已下证 查询审查信息 | 分类号: | G16B15/10搜分类 R 港口 检测搜索 |
公开/公告日: | 2021-04-30 | 转让价格: | 面议 |
公开/公告号: | CN109935274B | 交易状态: | 等待洽谈 搜索相似专利 |
交易方 | 企业 | 个人 |
买家 | 营业执照副本复印件(需盖公章) | 身份证复印件(签字) |
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专利转让协议(需盖公章)一式两份 | 专利转让协议(需签字)一式两份 | |
卖家 | 营业执照副本复印件(需盖公章) | 身份证复印件(需申请人签字) |
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专利证原件(若授权下证) | 专利证原件(若授权下证) |
日期 | 法律信息 | 备注 |