发明专利已授权

一种采用渐近式搜索MSA的蛋白质系综预测方法

📄 申请号：CN202510048792.8 📄 发布日：2026/08/04

著录项目信息

申请日

2025-01-13

公开号

CN119964645B

公开日

2025-11-28

申请人

浙江工业大学

法律状态

已下证

专利类型

发明

主分类号

G16B30_10

IPC 分类号

G16B30_10 , G16B15_20 , G16B40_30 , G06F18_2321 , G06F18_22 ,

技术画像

所属领域

蛋白质结构预测蛋白质结构预测多序列比对算法计算生物学

应用场景

新药研发, 蛋白质功能研究, 结构生物学, 分子动力学模拟, 生物医药

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摘要

一种采用渐近式搜索MSA的蛋白质系综预测方法，首先，给定目标蛋白质序列，使用MMSeqs生成MSA。然后，使用DBSCAN方法对每个MSA进行聚类，生成多个子MSA；对于聚类失败的MSA，采用高斯混合模型(GMM)进行期望最大化(EM)聚类；接着，使用BLAST序列比对方法，从每个子MSA中选出相似度最高的序列，再次利用MMSeqs生成新的MSA，将所有子MSA合并为一个新的MSA，去除完全相同的序列，并对长度不一致的序列使用MAFFT添加GAP；处理后的MSA再次聚类，最终输入AlphaFold2生成蛋白质系综。本发明有效利用MSA共进化信息以预测蛋白质动态系综。

权利要求书 (12项) 说明书附图

……

图1

图2

图3

法律状态时间线

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当前第 / 件

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