发明专利已授权

一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法

📄 申请号：CN202310280890.5 📄 发布日：2026/07/20

著录项目信息

申请日

2023-03-21

公开号

CN117012272B

公开日

2025-07-25

申请人

重庆邮电大学

法律状态

已下证

专利类型

发明

主分类号

G16B15_30

IPC 分类号

G16B15_30 , G16B20_50 , G16C10_00 , G16B40_00 , G16B5_00 ,

技术画像

所属领域

计算生物学计算生物学分子动力学模拟蛋白质结构分析

应用场景

抗病毒药物研发, 新冠疫苗研发, 病毒入侵机制研究, 靶点结构解析, 抗体药物设计

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摘要

本发明公开了一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法。首先获取S蛋白不同状态下与抗体结合和未与抗体结合的结构，构建蛋白质溶剂化模型；其次，进行能量最小化、预平衡和分子动力学模拟，得到各体系的模拟轨迹；之后进行动态网络分析，并将各结构域视作刚体，以其质心之间的连线计算二面角的角度，得到宏观的结构域变化趋势；再进行残基自由能分解，获取抗原抗体结合中贡献更大的残基，其更有可能在结合过程中引发更深层次的调控作用；最后对模拟轨迹的变化特征进行时滞性独立分量分析，对每个残基对轨迹的变化贡献进行了打分，得出该残基对于轨迹变化调控作用，为新冠病毒S蛋白的治疗靶点提供了新思路。

权利要求书 (12项) 说明书附图

……

图1

图2

图3

法律状态时间线

一种基于分子动力学的视紫红质光循环模拟方法

当前第 / 件

一种用于药物递送的温敏PNIPAM水凝胶载体的设计方法

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