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一种基于能量函数的模板口袋搜索方法，首先，使用COACH服务器预测出蛋白质绑定残基信息；然后，设计计算代价小的筛选条件去除掉数据库中大量结构相似度很低的口袋；最后，设计精确的能量函数对两个口袋的结构相似度进行打分，并选择能量最低的口袋作为模板口袋。本发明提供一种计算代价低、搜索效率高的基于能量函数的模板口袋搜索方法。

一种基于距离相似度的蛋白质构象空间搜索方法，在遗传算法的基本框架下，对每个目标个体完成交叉和变异操作；计算出目标个体残基间的空间距离值，并由这些空间距离值构成目标特征向量；然后，求出目标个体的特征向量与先验知识中目标蛋白的初始特征向量的Manhattan距离；同理，计算得到变异个体对应的变异特征向量以及对应的Manhattan距离；最后，根据Manhattan距离值和能量值选出优势个体，更新种群。本发明提出一种预测精度高、计算代价低的基于距离相似度的蛋白质构象空间搜索方法。

本发明公开了一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法。首先获取S蛋白不同状态下与抗体结合和未与抗体结合的结构，构建蛋白质溶剂化模型；其次，进行能量最小化、预平衡和分子动力学模拟，得到各体系的模拟轨迹；之后进行动态网络分析，并将各结构域视作刚体，以其质心之间的连线计算二面角的角度，得到宏观的结构域变化趋势；再进行残基自由能分解，获取抗原抗体结合中贡献更大的残基，其更有可能在结合过程中引发更深层次的调控作用；最后对模拟轨迹的变化特征进行时滞性独立分量分析，对每个残基对轨迹的变化贡献进行了打分，得出该残基对于轨迹变化调控作用，为新冠病毒S蛋白的治疗靶点提供了新思路。