发明专利已授权

基于MM/PBSA模型的蛋白质-配体结合自由能计算方法

📄 申请号：CN201910592398.5 📄 发布日：2026/06/30

著录项目信息

申请日

2019-07-03

公开号

CN110400598B

公开日

2023-07-11

申请人

江苏理工学院

法律状态

已下证

专利类型

发明

主分类号

G16B5_00

IPC 分类号

G16B5_00 , G16B20_00 ,

技术画像

所属领域

分子动力学模拟分子动力学模拟计算化学药物设计

应用场景

药物研发, 虚拟筛选, 蛋白质结构分析, 靶点结合预测, 生物大分子模拟

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摘要

本发明提供了一种基于MM/PBSA模型的蛋白质‑配体结合自由能计算方法，包括以下步骤：分别获取蛋白质和配体分子的pdb文件；对蛋白质的pdb文件借助pdb4amber工具进行预处理，删除Amber软件不能读取的氢原子；对配体分子的pdb文件借助antechamber工具，将pdb格式转为mol2文件格式，并且修改原子类型为amber力场的原子类型；借助tleap命令指定配体分子的GAFF力场参数；借助tleap命令采用AMBER99SB‑ILDN分子力场参数，分别生成蛋白质、配体小分子、蛋白质‑配体小分子复合结构的拓扑文件和坐标文件，并在该过程中添加水盒子以及抗衡离子；借助Amber软件对模拟体系进行能量最小化、升温和分子动力学模拟；借助MMPBSA.py程序对上一步骤中的分子动力学模拟轨迹进行基于分子力学‑玻尔兹曼泊松表面积模型的结合自由能计算。

权利要求书 (12项) 说明书附图

……

图1

图2

图3

法律状态时间线

20230711

✅ 授权

20191126

?? 实质审查的生效：

20191101

📄 公开

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