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本发明涉及一种基于RGBD输入和柔性配准口腔数字化系统，属于口腔医疗数字化技术领域。采用RGBD图像作为输入，使用基于表面细节迁移技术的非刚性场景重建算法，在重建人的口腔中的刚性部分、非刚性以及半刚性部分的同时重建出表面的albedo纹理。本发明技术方案的进一步改进为：过程中首先将纹理信息或纹理信息提取出的高维特征赋给点云，然后针对点云进行分割处理提取出感兴趣区域；在点云配准部分，根据不同部分的实际物理属性，求解算法在不同部分赋予不同的平滑约束系数。本发明主要是充分利用输入的纹理和深度信息，在提高建模精度和纹理真实度的同时，降低扫描重建时间，提升使用舒适度和便捷度。