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本发明公开了一种基于因子图的多AUV并行式协同导航定位方法及系统，方法包括以下步骤：建立多AUV并行式协同导航系统的数学模型；构建多AUV并行式协同导航系统的因子图模型，将各AUV的导航误差信息抽象为变量节点，将各AUV自身的观测信息与AUV之间的相对观测信息抽象为因子节点；利用因子图模型将各AUV之间的相对观测信息拆分到各AUV平台节点上，且每个AUV平台节点只更新自身的位姿信息及协方差信息矩阵；通过因子图消息传递算法在多AUV并行式协同导航系统因子图模型中的传递与更新实现各AUV导航状态的最优估计，解决多AUV在未知水下环境中利用异源异构的自身导航信息源与各AUV之间的相对观测信息源进行导航定位的问题。