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本发明属于基因测序技术领域，公开了一种拷贝数变异检测方法、系统、存储介质、计算机设备，从bam文件中提取出每个窗口的read depth值，对数据进行GC校正；对经过处理后的数据进行segment计算；使用密度峰值检测算法对segment计算产生的数据进行计算；得到标准化以后的密度和距离的二维数据，通过每个seg的密度和距离两个特征筛选出变异区域；得到变异区域，确定变异是丢失还是增添。本发明的方法简单易实现，资源开销少，通过给定的bam文件和参考序列文件即可检测出最后的结果，密度峰值算法可以快速对数据进行处理，然后本发明再对数据做高斯分布统计，根据概率密度判断从而得到变异区域。