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本发明提供了一种基于模块化因子图的骨髓瘤信号通路机制确认方法，该方法包括：步骤1、获取RPPA数据；步骤2、对所述RPPA数据进行预处理，粗粒度筛选关键蛋白质；步骤3、基于所述粗粒度筛选的关键蛋白质，构建在细胞刚性环境下，细胞内蛋白质的相互作用通路，形成信号通路；步骤4、采用常微分方程描述所述信号通路，并将所述信号通路分解成多个小模块，针对每个所述小模块，进行参数优化，建立系统生物学模型；步骤5、对所述系统生物学模型进行参数分析，所述参数分析包括稳定性分析和敏感性分析。本发明的方法有效降低了信号通路检测中系统模型的计算成本，提高了计算效率。

本发明公开了一种基于人工鱼群优化算法识别关键蛋白质的方法，将蛋白质相互作用网络转化为无向图、构建提纯的蛋白质相互作用网络、获取蛋白质对应的核糖核酸基因表达值、GO注释信息以及蛋白质在已知复合物内的度，对提纯后的蛋白质相互作用网络边和结点进行处理、选取已知关键蛋白质作为初始人工鱼、人工鱼执行觅食行为、随机行为、追尾行为、聚群行为并产生关键蛋白质。本发明方法能准确地识别关键蛋白质；仿真实验结果表明，敏感度、特异性、阳性预测值、阴性预测值等指标性能较优；与其他关键蛋白质识别方法相比，将人工鱼群的优化特性与蛋白质相互作用网络的拓扑特征进行结合实现关键蛋白质的识别过程，提高了关键蛋白质的识别准确率。