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一种从马铃薯淀粉加工废水中回收糖蛋白的方法，属于蛋白质提取技术领域。本发明利用复凝聚原理，将带有相反电荷的蛋白质和聚电解质通过静电作用力形成电中性、不溶性的复合物。以马铃薯淀粉加工过程中产生的蛋白质废水为原料，选择天然阳离子多糖壳聚糖配制成溶液，并按一定的比例加入到废水中。沉淀经过复溶，上清经过干燥处理，得到马铃薯糖蛋白产品。本发明选用天然阳离子多糖壳聚糖，选择性的回收了马铃薯糖蛋白，避免了工业上的酸热条件，最大程度保留了糖蛋白的功能性质，有效地减少了污染和提高回收蛋白附加值。此外，壳聚糖在碱性条件下不溶，可以对复合物进行分离，实现壳聚糖的循环利用，具有较大的经济效益。