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本发明公开一种高分散型纳他霉素混悬液及其制备方法和应用，方法包括如下步骤：S1、在50～70℃的热水中，不断加入精确称取的一定量的纳他霉素，恰好完全溶解，制得纳他霉素热饱和溶液；S2、将S1的热饱和溶液冷冻干燥，制得纳他霉素粉末；S3、将S2中制备的纳他霉素粉末中添加溶剂至得到5～10wt％的纳他霉素溶液，再逐渐降温进行低温结晶，得到25～55wt％的纳他霉素溶液；S4、将S3中制备的纳他霉素溶液加入水，旋转混合至样液呈均匀的混悬液状态，最终制得纳他霉素混悬液。本发明纳他霉素混悬液在抑制霉菌和酵母菌方面显示了较好的应用效果，使用该方法制得的纳他霉素混悬液具有纯度高、稳定性好的优点；且在实际使用中，使用量更少，使用更方便。