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本发明公开了一种干涉相位成像系统和方法及三维形态重建方法，包括激光器、第一分光棱镜、第二分光棱镜、第一透镜、第二透镜、第三透镜、Wollaston棱镜、样品、孔径光阑、物镜、偏振片和CCD；本发明通过采用分光棱镜对激光束进行分光，结构简单，易于操作；通过调整全反射镜的角度来改变两束入射到样本的物光之间的夹角，可以得到不同角度入射光的相位图，灵活、适用性强；通过对称式的光路设计，使两束物光在传播路径上具有对称性，保证了本发明系统的稳定性；通过一个CCD就可以获取两幅同一样本不同入射方向上的两幅干涉图，结构简单，有利于设备小型化并降低成本。本发明公开的三维形态重建方法所需数据量小、计算简便，速度快，有利于实时成像。