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一种基于自监督学习的电磁调制信号深度去噪方法及系统，包括：S1，使用GNU Radio软件生成数据集；S2，使用了下采样方法将一个信号数据分为两个短信号数据；S3，构建深度去噪网络模型，并定义损失函数，利用生成的两组数据作为输入信号和目标信号进行训练；S4，输出去噪信号。方法中提及的下采样方法将一个信号分为了两个相似信号，保留了信号本身的特征，又区分了其中的噪声分布，使得仅含有噪声信号就可以训练去噪网络。本发明还包括一种基于自监督学习的电磁调制信号去噪系统，由依次连接的数据发送模块、数据接收模块和去噪模块组成。本发明不需要干净信号就能进行去噪，能够自适应学习信号特性，且具有较好的普适性。