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本发明提供一种基于多示例学习的类器官ATP分析方法及系统，其中，方法包括：步骤1：获取类器官ATP标注数据集；步骤2：根据类器官ATP标注数据集，确定学习单位；步骤3：基于多示例学习的深度网络模型，根据学习单位，确定ATP分析模型；步骤4：获取目标分析影像；步骤5：将目标分析影像输入ATP分析模型，获得分析结果。本发明的一种基于多示例学习的类器官ATP分析方法及系统，确定类器官ATP标注数据集中的学习单位，引入多示例学习的深度网络模型学习每个学习单位的特征，训练ATP分析模型。ATP分析模型根据输入的目标分析影像，确定分析结果，提高了ATP分析模型的鲁棒性，分析结果的精度更高。