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本发明公开了一种基于UDE估计器的噪声估计方法，包括以下步骤：S1：根据控制系统微分方程建立状态空间表达式，并得到系统特征矩阵；S2：根据控制系统阶数选定高频滤波器；S3：根据控制系统阶数选定滤波参数阵；S4：根据系统特征矩阵、高频滤波器和滤波参数阵，计算传感器噪声估计值，完成噪声估计。本发明针对低成本的MEMS传感器，提出了一种基于UDE思想的传感器噪声估计方法。根据估计的传感器噪声估计值，可以实现对传感器的校正，从而实现对传感器数据的有效应用，可以实现对传感器噪声的精准估计。本发明可以将滤波器作为控制系统的一部分集成于系统中，避免在数据初始阶段直接进行滤波带来的延迟。