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本发明公开了基于多子图融合的多元时间序列异常检测方法及系统，该方法采用滑动窗口策略将去噪后的多元时间序列划分为多个子序列，将这多个子序列输入到特征提取模块进行特征提取，并将特征提取模块提取到的特征与去噪后的多元时间序列拼接，得到融合特征矩阵；对于融合特征矩阵，采用两种构建子图的方法分别得到多个子图；采用图神经网络和Transformer编码器将所得子图进行加权融合，得到融合后的图结构和特征表示；将融合后的图结构和特征表示输入到异常检测模型以进行时间序列异常检测。本发明可以良好的捕捉到时间序列中的动态变化和局部模式，将多个子图结构良好的融合，提高异常检测的能力。